En sus comienzos, la Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas de la Universidad de Ibagué, inicia como un área de ciencia, adscrita a la Facultad de Ingeniería, posteriormente en 1993 se convierte en el programa de Ciencia Básica de la Universidad.

Posteriormente, en 1997, por acuerdo 055 del 27 de octubre del Consejo Superior de la Universidad de Ibagué, se crea la Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas, cuyo primer decano fue el profesor Carlos Eduardo Beltrán Reyes. Nació como una facultad que reúne disciplinas y saberes propios en un campo amplio del conocimiento humano.

Es misión de la Facultad impartir formación científica y matemática a los distintos programas de pregrado y postgrado de la institución. Su misión establece el desarrollo de pregrados en áreas afines y postgrados propios en asocio o en convenio. La producción de conocimiento, la investigación de sus docentes y la extensión se constituyen en los objetivos fundamentales de la Facultad.

1997
Comienza la construcción del edificio de Ingeniería y la Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas.
1997
Inicia la construcción de los laboratorios de Física I, Física II y Física moderna.
1998
Inicia la construcción del laboratorio de química y se dota los laboratorios de su instrumental.
1998
Se firma el convenio con las universidades cubanas Central de las Villas y el Cepes de la Universidad de La Habana que permitió tener en la  Universidad y en la Facultad de Ciencias Naturales los primeros profesores con Doctorado en las áreas de matemática y física.
1999
Se crea el primer posgrado propio de la Universidad y de la Facultad de Ciencias Naturales en Procesos Estadísticos aplicados, que tuvo 3 cohortes, hasta 2003.
1999
Inicia el posgrado en Enseñanza de la matemática, que tuvo tres cohortes y finalizó en 2003.
2000
Se desarrolla el posgrado en Matemática avanzada, que tuvo una cohorte y finalizó en 2004.
2000
Se crea la revista Cuadernos de la Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas, con registro ISNN-0123-9643, que se publicaba semestralmente y constaba de artículos de investigación o divulgación científica. Se publicó hasta 2005.
2001
Se crea el diplomado en Gestión ambiental, que tiene como finalidad apoyar en la formación ambiental y el desarrollo sostenible a funcionarios de la Alcaldía, la Gobernación, gremios y funcionarios de Cortolima, del que se desarrollaron tres cohortes, hasta su finalización en 2004.
2002
La Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas participa cada semestre de las reuniones de facultades de Ciencias del país.
2003
Se beca a los tres primeros profesores de la Facultad, para que cursen doctorado en física, en el Centro de Investigación y de Estudios Avanzados (Cinvestav), en México.
2004
Inicia la participación en Acofacien.
2006 - 2007
Se vinculan nuevos docentes de tiempo completo para las áreas de matemática, física y estadística con títulos de doctorado.
2008
Se crea el grupo de investigación Naturatu
2009
Se firma un convenio con la Universidad Autónoma de Occidente de Cali, para extender el programa Administración del medio ambiente, adscrito a la Facultad de Ciencias Naturales. Se crea la oficina y se nombra como directora de dicho programa a la profesora Blanca Salguero.
2010
Se crea la sala laboratorio para modelamiento matemático.
2011
Se actualizan los laboratorios de física y química con equipos y software de modelamiento.
2012
Se celebra en la Universidad el Segundo Congreso Internacional de Pedagogía Matemática, con el apoyo de la Facultad de Ciencias, el grupo Cambiemos y Acofacien. Se apoya el desarrollo de las TIC y su inclusión en el aula de clase y asignaturas de ciencias, al igual que proyectos de investigación y cursos en Pensamiento matemático y Enseñanza de la ciencia, la técnica y la tecnolog&iacute para diferentes colegios de Ibagué.
2013
Se vinculan nuevos docentes - investigadores con doctorado, para las áreas de la Facultad. Se apoya, acompaña y fomenta diferentes proyectos de investigación en diferentes líneas relacionadas con ciencias básica y aplicada en conjunto con la Alcaldía y la Gobernación. Se pone en práctica un piloto de enseñanza conjunta de la física y la matemática para cursos de Ingeniería.
2014
Se constituye la Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas como la Facultad con el mayor número de profesores con doctorado de la Universidad y la que más proyectos de investigación tiene registrados ante la Oficina de Investigaciones o presentados a Colciencias.
2014
Se inicia la actualización de los equipos de laboratorios de la Facultad y para el uso de los investigadores adscritos a Ciencias Naturales. Se empieza la construcción de los laboratorios de investigación, para el uso de los docentes investigadores de la Facultad.
2018
Se crea el programa Biología Ambiental, como una nueva línea formativa de talento humano apto para afrontar los retos más próximos de esta zona andina en términos ambientales. Su primer director es Miguel Moreno Palacios.