En sus comienzos, la Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas de la Universidad de Ibagué, inicia como un área de ciencia, adscrita a la facultad de ingeniería, posteriormente en el año 1993 se convierte en el programa de Ciencia Básica de la Universidad.

Posteriormente, para el año 1997, por acuerdo 055 del 27 de octubre, el Consejo superior de la Universidad de Ibagué, se crea la Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas. Fue su primer decano, el profesor Carlos Eduardo Beltrán Reyes .siendo esta una facultad que reúne disciplinas y saberes propios en un campo amplio del conocimiento humano. Es misión de la facultad, impartir formación científica y matemática a los distintos programas de pregrado y postgrado de la institución. Su misión establece la realización de  pregrados en áreas afines y postgrados propios en asocio o en convenio. La producción de conocimiento, la investigación de sus docentes y la extensión, se constituyen en los objetivos fundamentales de la facultad.

1997
Se comienza  la construcción del edificio de ingenierías y la Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas.
1997
Se inicia la construcción de los laboratorios de Física I, Física II y Física moderna.
1998
Se inicia la construcción del laboratorio de química, se dotan los laboratorios de su instrumental.
1998
Se firma el convenio con las Universidades Cubanas;  Central  de las Villas y el CEPES de la Universidad de la Habana que permitió tener en la  Universidad y en la Facultad de Ciencias Naturales los primeros profesores con Doctorado en las áreas de matemática y física.
1999
Se crea el primer Postgrado propio de la Universidad y de la Facultad de Ciencias Naturales en “Procesos Estadísticos aplicados” . El cual Tuvo (3) tres cohortes hasta el año 2003.
1999
Se Inicia el postgrado en enseñanza de la matemática”, el cual tuvo (3) tres Cohortes, finalizando en el año 2003.
2000
Se realiza el Postgrado en “matemática avanzada “el cual tuvo (1) una cohorte que finalizo en el 2004.
2000
Se crea la revista Cuadernos de la Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas, con registro ISNN-0123-9643. La cual se publicaba semestralmente y constaba de artículos de investigación o divulgación científica. Se publicó Hasta el año 2005.
2001
Se crean el Diplomado en” gestión ambiental”, que tiene como finalidad apoyar en la formación ambiental y desarrollo sostenible a funcionarios de la alcaldía, gobernación, gremios y  funcionarios de Cortolima. Se realizan tres Cohortes de este diplomado. Finalizándose en el 2004.
2002
La Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas participa semestralmente  de las reuniones de facultades de ciencias del país.
2003
Se becan los tres primeros profesores de la Facultad, para que realicen estudios de doctorado en física, en Cinvestav  Mexico.
2004
Se inicia la participación en ACOFACIEN.
2006-2007
Se vinculan nuevos docentes de tiempo completo para las áreas de matemática, física y estadística con títulos de Doctorado.
2008
Se crea el grupo de investigación NATURATU.
2009
Se firma un convenio con la Universidad Autónoma de Occidente de Cali, para extender el programa de “administración del medio ambiente”, el cual está adscrito a la Facultad de Ciencias Naturales. Se crea la Oficina y nombra director  de dicho programa a la profesora Blanca salguero.
2010
Se crea la sala laboratorio para modelamiento matemático.
2011
Se actualizan los laboratorios de física y química con equipos y software de modelamiento.
2012
Se realiza en la Universidad. El II congreso internacional de pedagogía matemática, con el apoyo de la Facultad de Ciencias, el grupo “Cambiemos “y ACOFACIEN. Se apoya el desarrollo de las TIC y su inclusión en el aula de clase y asignaturas de ciencias, al igual que  proyectos de investigación y  cursos en “pensamiento matemático” y “enseñanza de la ciencia la técnica  y la tecnología” para  diferentes colegios de la ciudad de Ibagué.
2013
Se Vinculan nuevos docentes -investigadores con doctorado, para las diferentes áreas de la facultad. Se apoya, acompaña y fomentan diferentes proyectos de investigación en diferentes líneas relacionadas con ciencia básica y aplicada en conjunto con la alcaldía y la gobernación. Se pone en práctica un piloto de enseñanza conjunta de la física y la matemática para cursos de Ingeniería.
2014
Se Constituye la Facultad de Ciencias Naturales y Matemáticas de la Universidad de Ibagué, como la Facultad con el mayor número de profesores con doctorado de la universidad y la que más proyectos de Investigación tiene registrados ante la oficina de investigaciones o  presentados a Colciencias.
2014
Se Inicia la actualización de los equipos de laboratorios de la facultad y para el uso de los investigadores adscritos a Ciencias Naturales. Se empieza la construcción de los laboratorios de Investigación para el uso de los docentes investigadores de la Facultad de Ciencias Naturales y Matemática.